水声工程学科是首批国家重点学科，在教育部历次学科评估中均名列第一；水声工程学科所在的一级学科——船舶与海洋工程在教育部第四轮、第五轮一级学科评估中获得A+。学院在水声工程学科基础上扩展设置声学、信息与通信工程、海洋科学等相关学科。

学院一直重视科学研究工作，建校以来，学院科研成果曾创造多项国内第一，包括研制成功我国第一只铁淦氧水声换能器（陈列于军事博物馆）、第一套海上综合定位系统、第一台“多功能多目标声纳模拟测试装置”、第一型条带测深仪、第一只矢量水听器等。新世纪以来，学院长期开展水地声激发与传输统一场理论、非线性调声技术、混响法目标辐射噪声测量技术、深海低频声发射与接收技术、长基线水下广域导航定位技术、多波束地形测量与成像技术、水下通信与组网技术、深海高精度综合定位技术、及极地海冰区声学特性研究与信息传输技术等基础理论研究与关键技术攻关。累计获国家及省部级科技奖近200项，其中国家科技进步一等奖3项，二等奖4项；获科技创新团队奖、中国海洋十大科技进展、科技十大进展、海洋工程科学技术杰出贡献奖、中国专利奖等一批奖项。成果装备应用于“蛟龙号”、“深海勇士号”、 “奋斗者号”深海载人潜水器等多种水中平台。

近十年来，学院承担来自科技部、教育部、国家自然科学基金委、科工局、科技委等上级机关及企事业单位的各项重要科研任务近1500项，发表高水平SCI论文近650篇，授权专利超600项。

学院长期坚持科研方向体系化布局，将继续强化服务海洋强国意识，坚持国家需求牵引；强化顶天立地担当，坚持应用能力导向；强化一流追求，坚持基础前沿创新；强化有组织科研模式，坚持多学科多单位联合攻关队伍组建，不断提高水声工程领域科研水平，产出新质科研成果。